Geschichte des Hauses
1734 -1737 wurde das Vorderhaus als holländischer Rohziegelbau errichtet und diente als Wohnsitz für Potsdamer Stadtkommandanten. 
Die erste Stadtverordnetenversammlung tagte hier von 1809 -1817 und danach arbeitete das Stadtgericht in dem Gebäude. 
Das heute noch erhaltene Gefängnis entstand 1910.
Während der Weimarer Republik war das Haus Sitz der Strafkammer des Amtsgerichts.
Ab 1934 nahm das „Erbgesundheitsgericht“ im Vorderhaus seine Tätigkeit auf und entschied über den amtlichen Antrag zur Zwangssterilisierung. 
Im Gefängnis wurden ab  Ende der 30er Jahre  zunehmend Menschen aus ideologischen Gründen  inhaftiert.
Im Juli 1945  beschlagnahmte die sowjetische Besatzungsmacht das Gebäudeareal und der sowjetische Geheimdienst richtete ein zentrales Untersuchungsgefängnis des Landes Brandenburg ein.
1952 übergab der sowjetische Geheimdienst den ganzen Komplex an die Staatssicherheit der DDR. Seitdem diente es bis Oktober 1989 als Untersuchungshaftanstalt für politische Gefangene.
Ab Januar  1990 zogen oppositionelle Gruppen und Parteien ein.
1995 erklärten die Potsdamer Stadtverordneten das Haus zur Gedenkstätte. Die Fördergemeinschaft „Lindenstraße 54“ engagiert sich für den Erhalt und die inhaltliche Arbeit der Bildungs- und Dokumentationsstätte. 
2002 wurde die Schülerprojektwerkstatt als historisch-politische Bildungseinrichtung unter Leitung einer Gedenkstättenlehrerin eröffnet.